La norma 6.4 indica que cuando el funcionario competente detecte alguna deficiencia o desviación en la gestión o en el control interno, o sea informado de ella, debe emprender oportunamente las acciones preventivas o correctivas pertinentes para fortalecer el SCI, de conformidad con los objetivos y recursos institucionales. Así también, debe verificar de manera sistemática los avances y logros en la implementación de las acciones adoptadas como producto del seguimiento del SCI. En el caso de las disposiciones, recomendaciones y observaciones emitidas por los órganos de control y fiscalización, la instancia a la cual éstas son dirigidas debe emprender de manera efectiva las acciones pertinentes dentro de los plazos establecidos.

Producto de la autoevaluación del SCI se genera un plan de acción el cual incluye las tareas a ejecutar para superar las debilidades encontradas. Este plan incluye los responsables de ejecutarlas como su fecha de implementación. Este plan debe ser ejecutado de acuerdo con lo definido en el mismo, y para verificar que así sea el PROCI realiza un seguimiento a la implementación de estos en todas las dependencias. Por otro lado las dependencias a las cuales fue asignada una recomendación de auditoría o una disposición de la CGR deben implementarlas en el tiempo en el cual se comprometieron a ejecutarlas.