La Ley establece en su artículo 12 lo siguiente como deberes del jerarca y de los titulares subordinados en el SCI:
- Velar por el adecuado desarrollo de la actividad del ente o del órgano a su cargo.
- Tomar de inmediato las medidas correctivas, ante cualquier evidencia de desviaciones o irregularidades.
- Analizar e implantar, de inmediato, las observaciones, recomendaciones y disposiciones formuladas por la auditoría interna, la Contraloría General de la República, la auditoría externa y las demás instituciones de control y fiscalización que correspondan.
- Asegurarse de que los sistemas de control interno cumplan al menos con las características definidas en el artículo 7 de la Ley (apartado 1.6 de este material).
- Presentar un informe de fin de gestión y realizar la entrega formal del ente o el órgano a su sucesor, de acuerdo con las directrices emitidas por la Contraloría General de la República y por los entes y órganos competentes de la administración activa.