El artículo 41 de la LGC define las sanciones administrativas que se generarán dependiendo la gravedad de la falta generada sobre el SCI: 

• Amonestación escrita.
• Amonestación escrita comunicada al colegio profesional respectivo, cuando corresponda.
• Suspensión, sin goce de salario, de ocho a quince días hábiles.  En el caso de dietas y estipendios de otro tipo, la suspensión se entenderá por número de sesiones y el funcionario no percibirá durante ese tiempo suma alguna por tales conceptos.
• Separación del cargo sin responsabilidad patronal.

Específicamente en el caso de la UNED desde el año 2016 el Consejo Universitario aprobó el “Reglamento para la operación y mantenimiento del sistema de control interno de la universidad estatal a distancia” el cual incluye en su artículo 30 lo relacionado con las responsabilidades y sanciones, el cual define la aplicación del artículo 39 de la LGCI en la UNED.

Al amparo de lo que se indica en el artículo 39 de la Ley General de Control Interno (Ley 8292), el Consejo Universitario, el Rector, los titulares subordinados y funcionarios de la Universidad incurrirán en responsabilidad administrativa y civil, cuando corresponda, si incumplen injustificadamente los deberes asignados en esta Ley, sin perjuicio de otras causales previstas en el régimen aplicable a la respectiva relación de servicios. Asimismo, cuando debiliten con sus acciones el sistema de control interno u omitan las actuaciones necesarias para establecerlo, mantenerlo, perfeccionarlo y evaluarlo, según la normativa técnica aplicable.

Cabrá responsabilidad administrativa contra el Consejo Universitario que injustificadamente no asigne los recursos a la auditoría interna en los términos del artículo 27 de esta Ley. Asimismo, contra los funcionarios que injustificadamente incumplan los deberes y las funciones que en materia de control interno, les asigne el Consejo Universitario, el Rector o el titular subordinado, incluso las acciones para instaurar las recomendaciones emitidas por la auditoría interna, sin perjuicio de las responsabilidades que les puedan ser imputadas civil y penalmente.

El Consejo Universitario, el Rector, los titulares subordinados y los demás funcionarios también incurrirán en responsabilidad administrativa y civil, por obstaculizar o retrasar el cumplimiento de las potestades del auditor, y de los demás funcionarios de la auditoría interna, establecido en la “Ley General de Control Interno”.

Adicionalmente el artículo 31 de este reglamento señala las sanciones administrativas: “En materia disciplinaria, de acuerdo con la gravedad de la falta, se aplicará en todos los casos, lo establecido en la Ley General de Control Interno y la normativa institucional (Estatuto Orgánico y Estatuto de Personal).”

Finalmente este reglamento establece en el artículo 32 la competencia para declarar responsabilidades: “Las sanciones previstas serán impuestas por el órgano que ostente la potestad disciplinaria, de acuerdo con la normativa interna o externa que resulte aplicable.”

Y el artículo 33, la prescripción de la responsabilidad administrativa:   

La responsabilidad administrativa del funcionario por las infracciones previstas prescribirá según el artículo 71 de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, N. 7428, de 7 de setiembre de 1994. Se reputará como falta grave del funcionario competente para iniciar el procedimiento sancionatorio, el no darle inicio a este oportunamente o el dejar prescribir la responsabilidad del infractor, sin causa justificada.